School Days

Makoto Itou, un estudiante de preparatoria, se empieza a interesar en una chica que ve en el tren durante el camino a la escuela, Kotonoha Katsura, e incluso se las ingenia para sacarle una foto con su móvil. Debido a cambios de sitio de los alumnos en su clase, él se termina sentando al lado de Sekai Saionji, quien al curiosear en el móvil de Makoto mientras hablaba con él, descubre su enamoramiento y decide ayudarlo hasta que Kotonoha Katsura acepte salir con él.
Gracias a Sekai, Makoto finalmente le declara sus sentimientos a Kotonoha y esta le corresponde. Más tarde mientras Makoto esperaba a Kotonoha y Sekai esperaba su tren en la estación, él le da las gracias a Sekai por haberlo ayudado con su relación con Kotonoha y le dice que se lo pagará, Sekai aprovecha el momento para robarle un beso a Makoto y le dice que con eso bastará.
Debido a la indecisión de Makoto sobre sus sentimientos hacia Kotonoha y Sekai, empieza la historia de Drama y Romance "School Days"

Finales:

Dentro de 21 posibles finales, 15 son finales "buenos" (el protagonistas se queda con alguna de las chicas), 3 son finales "malos" (involucran la muerte de un personaje principal) y hay 3 finales malos más en la versión PS2, 2 son finales harem (el protagonistas se queda con varias chicas) y 1 es una variación de cualquiera de los anteriores. A pesar de que solo existen tres finales malos, son vistos de una manera tan impactante y violenta que se hicieron más famosos que los buenos.

Finales buenos

Kotonoha:
- "Desde un beso hasta la eternidad" (キスから先へ Kisu kara Saki e?)
Este final tiene el mismo desenlace que el de "A Kotonoha". Diferente en como el escenario antes de eso se llevó a cabo.
- "Deseo sensual" (肉欲 Nikuyoku?)
Kotonoha le dice los detalles de su "relación carnal" a Sekai con Makoto y esto causa que Sekai se ponga mal. Después, Makoto obliga a Kotonoha a que le diga lo que le dijo a Sekai y él se pone también mal por ello.
- "Sólo para ella" (彼女だけの彼 Kanojo dake no Kare?)
Este final tiene la misma conclusión que el final de "Y a Kotonoha", sin embargo la diferencia radica en que el jugador le fue fiel a Sekai desde el principio hasta un punto donde Kotonoha sale a una cita con Taisuke. Makoto decide cambiar de actitud y va tras Kotonoha. Ella rompe con Taisuke y por lo tanto termina igual que el de "Y a Kotonoha". Se le puede considerar como uno de los peores comparado con el resto porque las escenas que llevan al final involucran mucha infidelidad a Kotonoha y dolor al verla que se mete con otros muchachos.
- "Y con Kotonoha" (「そして言葉と」 Soshite Kotonoha to?)
Makoto rompe con Kotonoha debido a una súbita serie de nuevos sentimientos por Sekai. Un malentendido provoca que tanto Kotonoha como Sekai crean que Otome es el nuevo interés amoroso de Makoto. Sekai, Kotonoha y Otome compiten por tener el amor de Makoto. Estos eventos se convierten en la fuente principal de chismes en la escuela. Al final, Makoto escoge a Kotonoha y la historia termina cuando Kotonoha y Makoto se despiertan en la cama de Makoto, mientras él contesta una video-llamada de la hermanita de Kotonoha. Makoto inclina la cámara para que ésta capte a Kotonoha desnuda, sonriendo y haciendo una seña en forma de V, mientras la apenada y sorprendida Kokoro emite palabras de asombro.
- "Y a Kotonoha" (「そして言葉へ」 Soshite Kotonoha e?)
Este final comparte el mismo escenario que el de arriba, con una excepción. En este final, Makoto deja bien en claro que le gusta Sekai. Esto saca a Otome del cuadro. Sin embargo, los sentimientos de Makoto por Sekai no son más que tentativos y Kotonoha intenta desesperadamente recuperar el corazón de Makoto. Debido a que es claro que Makoto y Sekai están saliendo juntos, Nanami y las mujeres en el club de deportes conspiran para hacerle burla a Kotonoha y mantenerla alejada de Makoto. Nanami le advierte a Kotonoha sobre no acercarse a Makoto y luego otras muchachas intervienen para molestarla y le tiran la comida casera que Kotonoha había preparado especialmente para Makoto. Él descubre lo que pasó al escuchar a las amigas de Otome hablar sobre ello. A continuación, él busca a Kotonoha y llega justo en el momento en que Otome y sus amigas la tienen acorralada y Natsumi esta a punto de darle una cachetada. Makoto interviene a favor de Kotonoha, deteniendo la mano de Natsumi y habla para defender a Kotonoha. Regaña a las otras muchachas por su comportamiento y luego le echa toda la culpa a Sekai por las burlas que soportó Kotonoha. Sekai llora e implora perdón varias veces. El juego termina con Makoto y Kotonoha comiendo juntos y luego dándose unos besos. Se alega que este es uno de los mejores finales porque Makoto reconoce públicamente que es el novio de Kotonoha y la defiende de ser abusada por otros.
- "Y empezando desde el primer beso" (そしてファーストキスからはじまる Soshite Fāsuto Kisu kara Hajimaru?)
Este final comparte la misma conclusión que el de "A Kotonoha" y solo difiere debido al penúltimo escenario.
- "Nochebuena" (クリスマス・イブ Kurisumasu Ibu?)
Mejor final con Kotonoha. En nochebuena, Makoto y Kotonoha están en un cuarto de hotel.

Sekai:
- "Con sentimientos honestos" (素直な気持ちで Sunao na Kimochi de?)
Este final se asemeja a un final clásico de tipo "... y vivieron felices para siempre". Sin embargo, es obtenido por no estar completamente seguro en las decisiones en la primera parte del juego y por lo tanto, no dedicado a Sekai al 100%. En Nochebuena, en la estación de tren, Makoto y Sekai ambos se declaran su amor y su dedicación el uno por el otro.
- "Bavarois" (ババロア Babaroa?)
Kotonoha obliga a que Makoto se encuentre en una posición comprometedora y toma una fotografía con su celular. Luego, le muestra esta foto a Sekai para presionarla y le dice que Makoto disfruta estar más con ella que con Sekai. Sekai se entristece mucho y recurre a la privacidad de su cuarto para llorar e ignorar las llamadas de Makoto. Luego, lo rechaza cuando intenta visitarla. La mamá de Sekai luego llega a casa y comen bavarois. Después de una conversación significativa, la mamá de Sekai le dice que Makoto la ha estado esperando afuera con una expresión triste. Cuando se da cuenta de que se encuentra afuera, Sekai corre y lo abraza. Él le dice que está arrepentido y que en verdad la ama. A través de sus sollozos, Sekai le pregunta que si le gusta el bavarois.
- "Te amo" (だいすき Daisuki?)
Mejor final con Sekai. Makoto y Sekai bailan cerca de una fogata.
- "Pensamientos obligatorios" (「思い結んで」 Omoimusunde?)
Similar al final de "Te amo", estos finales son obtenidos a través de distintos niveles de dedicación hacia Sekai.
- "El deseo de Setsuna" (「刹那の思い」 Setsuna no Omoi?)
Sekai está a punto de ser transferida, a lo que Makoto y Setsuna formulan un plan para que no suceda. Finalmente es Setsuna quien es transferida, para que así Makoto y Sekai puedan estar juntos.
Sub Heroínas
- "El Makoto de todas" (みんなの誠 Minna no Makoto?)
Makoto deja a Sekai y termina saliendo con su amiga Hikari. Kotonoha empieza a salir con Taisuke.
- "Amigo sexual" (セックスフレンド Sekkusu Furendo?)
Final feliz con Hikari. En este final, aparece una escena adicional en la que se muestra a Hikari cargando al bebé de ella y Makoto.
- "Los sentimientos serios se premian" (一途な思いは報われて Ichizu na Omoi wa Mukuwarete?)
Final feliz con Otome.

Finales Malos

- "Eternamente" (永遠に Eien ni?)
Una Kotonoha mentalmente inestable intenta hacer que Makoto regrese a su lado, pero fracasa ya que dulce pero firmemente Makoto le deja claro que él y Sekai han sentado ya una relación. Como último recurso, Kotonoha aparece en el apartamento de Makoto (la mamá de él la dejó pasar) y cuando Makoto por última vez la rechaza, ella dice que no serán felices porque Makoto es su verdadero amor. Sekai y Makoto se marchan del apartamento de éste, tristes pero decididos, pero mientras iban saliendo ven como el teléfono móvil de Kotonoha cae desde lo alto del balcón. Segundos después, una desesperanzada Kotonoha se arroja al vacío desde lo alto del balcón del apartamento, muriendo frente a los ojos de la pareja.
Pasa un año desde ese día y se puede ver a Makoto ya más adulto, parado frente a la tumba de Kotonoha: decidió seguir con su vida adelante terminando la preparatoria e intentando ingresar a la universidad, de paso ayudando a su mamá en el negocio de esta. Makoto quedó tan afectado desde ese día trágico ya que no solo rompió con Sekai, sino que también decidió no volver a enamorarse jamás. En el juego PS2 se ve que después de decir esto, se encuentra con Sekai, quien le cuenta a Makoto que ella se casó y se divorcio, y también que estuvo embarazada, pero de alguna manera perdió el bebe. Luego se marcha y Makoto ve que ella traía un balde de agua para la tumba. Él le pregunta por qué no echa el agua y ella contesta que la tumba de Kotonoha está sonriendo de una manera desagradable...aparentemente por el rompimiento de Makoto y Sekai, como también por la profunda infelicidad con la que ambos siguen su vida.
- "A mis hijos" (我が子へ Wagako e?)
Mientras Kotonoha y Makoto tienen una velada de sexo, Sekai les oye sin que se diesen cuenta. Para sorpresa de Sekai, Makoto le dice a Kotonoha que gracias a "su entrenamiento especial" con Sekai ya puede amar finalmente a Kotonoha, pues Sekai sólo era buena para tener sexo. Tiempo después, una Sekai en un avanzado estado de embarazo enfrenta a Makoto en el atardecer, apuñalándolo con un cuchillo de cocina para luego huir de allí, aunque un Makoto malherido intenta calmarla. Cuando Sekai desaparece, Makoto se arrastra a una pared y muere finalmente desangrado, confesando lo que sentía por Sekai.
En el juego PS2 se ve lo que pasa después. Kotonoha, Taisuke, Hikari (quienes están juntos) y la madre de Sekai se encuentran en un parque. Aparentemente Sekai ha desaparecido. En el parque se ve que están jugando juntos los hijos de Sekai, Kotonoha y Hikari.
- "La conclusión sangrienta" (鮮血の結末 Senketsu no Kensematsu?)
Kotonoha llega a casa de Makoto para esperarlo, sin saber que en ese instante llega éste acompañado de Sekai y luego les escucha hacer el amor. Destrozada, Kotonoha desaparece en silencio. Tiempo después mientras caminaban en un puente peatonal, Makoto y Sekai son sorprendidos por Kotonoha quien desenfunda un cuchillo y en una sola pasada corta el cuello de Sekai matándola al instante, mientras ríe desquiciadamente frente a la mirada atónita de Makoto.
En el juego School Days LxH se ve lo que pasa después. Makoto, aterrado, lanza lejos el cuchillo de Kotonoha pero esta intenta ahorcarlo con su bufanda. Makoto la toma de la mano y ella despierta de su trance. Kotonoha se da cuenta de lo que ha hecho y llora junto a Makoto y el cadáver de Sekai. A diferencia de la primera version, Sekai no sangra.

Finales harem:

- "Dos Amantes" (二人の恋人 Futari no Koibito?)
Kotonoha y Sekai han admitido y han aceptado que ambas aman a Makoto. Ellas dos están embarazadas, y quieren revelar la noticia a Makoto como un "Presente de Navidad".
- "Adiós Sekai" (さよなら世界 Sayonara Sekai?)
Makoto está saliendo con Sekai, pero ella está a días de ser transferida a París. Makoto luego se entera de esto y se enfada al ver que Sekai no opone mucha resistencia. A esto le pide ayuda a Setsuna y ellos dos formulan un plan, en el cual Setsuna toma una foto de ellos dos desnudos en la cama y se la manda a Sekai, para que se pusiera celosa y actuara. Pero todo lo que hace Sekai es tratar de convencer a Makoto para que la siguiera queriendo incluso si ella fuese transferida. Luego Setsuna decide ser más drástica y llama por telefono a Sekai mientras está ella con Makoto, haciendo parecer que esta gimiendo mientras tiene sexo con él. Esto hace que Sekai se eche a llorar, muy a diferencia de Makoto, quien comienza a desear sexualmente a Setsuna. Ella se da cuenta de eso y concluye que Makoto no ama a Sekai. Tiempo después de que Sekai fuese transferida, Makoto tiene sexo con muchas chicas todos los días. Una de las chicas mira el correo de Makoto y le pregunta sobre una carta desde Francia, enviada por Sekai. Al recibir la carta, Makoto la arroja a la basura, asegurando que no es nada importante para él.

Variante

- "Sandía" (西瓜 Suika?)
Un episodio de posterior a los finales "Deseo Sensual" y "Bavarois", sólo aparece con cierta condición. Este episodio se le nombró "Yo soy la esposa" (妻です Tsuma desu?) por los fans.
Makoto está en casa con su madre, comiendo rebanadas de sandía y recibe un cuadro y carta de Setsuna de Francia, mostrándose delante del Arco del Triunfo y evidentemente embarazada. Ella escribe: "Yo daré a luz en Japón, así que volveré en el momento en que leas esta carta. Por favor, piensa en un nombre. Setsuna". Suena el timbre y la amante escogida de Makoto (Kotonoha en caso de que el fin es "Deseo Sensual" o Sekai en caso de que el fin sea "Bavarois") entra, mientras presenta a Setsuna a la madre de Makoto como una compañera de clase de Makoto si Kotonoha es escogida o como su amiga de niñez si Sekai es la escogida. Setsuna se presenta diciendo "Yo soy la esposa", sosteniendo su folleto de embarazo y haciendo una señal de victoria.